El 22 de enero de 1858 se nombra presidente interino de México a Félix María Zuloaga, tras la salida del poder de Ignacio Comonfort, quien se sintió incapaz de defender la Constitución de 1857, documento de corte liberal que eliminaba privilegios de los grupos conservadores y de la Iglesia católica. Comonfort era un liberal moderado, el que fue presionado por liberales puros como Benito Juárez y Melchor Ocampo, entre otros, para que hiciera respetar la constitución, ante la ola de protestas de los afectados por diversos artículos.
Los conservadores querían una república centralista, mientras el grupo liberal abogaba por una república representativa, federal y popular. La ideología que había defendido Morelos, en la Constitución de Apatzingán, que tenía como base la soberanía del pueblo, animaba la defensa de la nueva constitución por parte de los liberales, que veían la oportunidad de crear el México moderno.
Querían borrar la herencia colonial, en que predominaban los privilegios de la Iglesia, de los militares y de los conservadores. Entonces, Benito Juárez como presidente de la Suprema Corte de la Nación, pasó a ocupar legalmente con el carácter de interino la presidencia de la república; en México, en esa circunstancia se contaba con dos presidentes. Fueron tres años de una furiosa lucha, la que culminaría el 22 de diciembre de 1858 con el triunfo liberal en la batalla de Calpulalpan. Fue el general Jesús González Ortega, quien llevó a la victoria a los liberales, siendo el perdedor Miguel Miramón; el primero era un militar improvisado, pero gran estratega, el que incluso había saltado de desempeñar un trabajo como escribiente en la notaría de un pueblo cercano a la Ciudad de Zacatecas, a formar parte del grupo selecto del ejército juarista, mientras el segundo era un experto soldado, con carrera hecha en la milicia.
El 24 de diciembre de 1858, González Ortega obligó a Miramón a rendirse entregando la Ciudad de México, con lo que se cerraba un capítulo sangriento de nuestra historia. Entró el primero de enero de 1859 a la capital, ante la aclamación de un pueblo dolido y triste, por la guerra de tres años. Benito Juárez, hizo su arribo a la Ciudad de México, el 11 de enero del mismo año, y una de sus primeras acciones fue la de convocar a elecciones. El 15 de junio próximo tomaba protesta como presidente de la república.